論文の残滓

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UCB v Broadのインターフェアレンス 第2段開始のお知らせ

CRISPR-Cas9の米国における基本特許について下記の投稿してから5ヶ月立ちました。

 

nannosono.hatenablog.com

が、6月24日のinterferenceが宣言され、再戦です。

 

news.berkeley.ed 

UCBの特許を追っかけていた人はクレームをガチンコで寄せていたので、うすうす気付いていたでしょうし、4月頃にリークされていましたね。

 

今回のinterferenceの対象の出願/特許は下記の通りです。

https://www.broadinstitute.org/files/news/pdfs/106115-NoticeDeclaringInterference.pdf

 

UCB出願(10出願)

US 15/947,680; US 15/947,700; US 15/947,718; US 15/981,807; US 15/981,808; US 15/981,809; US 16/136,159; US 16/136,165; US 16/136,168; and US 16/136,175.

 

Broad出願/特許(13特許、1出願)

8,697,359; 8,771,945; 8,795,965; 8,865,406; 8,871,445; 8,889,356; 8,895,308; 8,906,616; 8,932,814; 8,945,839; 8,993,233; 8,999,641; 9,840,713; 

14/704,551

 

今回のinterferenceでは、下記がカウントとして設定されています。

 

UCB application(15/981,807)

Claim 156:

A eukaryotic cell comprising

              a target DNA molecule and an engineeredand/or non-naturally occurring Type II Clustered Regularly Interspaced Short PalindromicRepeats (CRISPR)-—CRISPR associated (Cas) (CRISPR-Cas) system comprising

  1. a) a Cas9 protein, or a nucleic acid comprising a nucleotide sequence encoding said Cas9protein; and
  2. b) a single molecule DNA-targeting RNA, or a nucleic acid comprising a nucleotidesequence encoding said single molecule DNA-targeting RNA; wherein the single molecule DNA-targeting RNA comprises:
  3. i) a targeter-RNA that is capable of hybridizing with a target sequence in the targetDNA molecule, and
  4. ii) an activator-RNA that is capable of hybridizing with the targeter-RNA to form adouble-stranded RNA duplex of a protein-binding segment,

              wherein the activator-RNA and the targeter-RNA are covalently linked to one another with intervening nucleotides; and

              wherein the single molecule DNA-targeting RNA is capable of forming a complex with the Cas9 protein, thereby targeting the Cas9 protein to the target DNA molecule,whereby said system is capable of cleaving or editing the target DNA molecule or modulatingtranscription of at least one gene encoded by the target DNA molecule.

 

Broad patnet (8,697,359)

Claim 18:

An engineered, programmable, non-naturally occurring Type II CRISPR-Cas system comprising

              a Cas9 protein and

              at least one guide RNA that targets and hybridizes to a target sequence of a DNA molecule in a eukaryotic cell,

              wherein the DNA molecule encodes and the eukaryotic cell expresses at least one gene product and the Cas9 protein cleaves the DNA molecules, whereby expression of the at least one gene product is altered; and,

              wherein the Cas9 protein and the guide RNA do not naturally occur together,

              wherein the guide RNAs comprise a guide sequence fused to a tracr sequence.

 

そして、カウントの対象となる各出願/特許のクレームは下記の通りです。要は、ほぼ全部ですね。

 

UCB出願

15/947,680:Claims 156-185

15/947,700:Claims 156-185

15/947,718:Claims 156-185

15/981,807:Claims 156-185

15/981,808:Claims 156-170, 172-185

15/981,809:Claims 156-170, 172-185

16/136,159:Claims 156-184

16/136,165:Claims 156-184

16/136,168:Claims 156-184

16/136,175:Claims 156-184

 

Broad特許

8,697,359:Claims 1-20

8,771,945:Claims 1-29

8,795,965:Claims 1-30

8,865,406:Claims 1-30

8,871,445:Claims 1-30

8,889,356:Claims 1-30

8,895,308:Claims 1-30

8,906,616:Claims 1-30

8,932,814:Claims 1-30

8,945,839:Claims 1-28

8,993,233:Claims 1-43

8,999,641:Claims 1-28

9,840,713:Claims 1-41

14/704,551:Claims 2, 4-18

 

前回は、抵触判断ではじかれ、先発明の判断まで至りませんでしたが、今回のクレームはかなり近しいクレームとなっているため、先発明の判断も行われる可能性が高そうです。

さてさてどうなるやら。

J-PlatPatのRSS機能を用いた経過監視の仕方

6月6日にJ-PlatPatでRSS機能がリリースされたと公表されました。

J-PlatPatでは対象案件について更新があると、翌日にJ-PlatPatでの情報が翌日に更新されるため、RSS機能を用いると更新された情報を随時確認することで経過監視が可能になります。

なお、J-PlatPatにも記載がありますが、RSS機能の対象となる書類は2019年6月5日以降となりますので、それ以前の書類については対象外です。

 

対象案件についてRSSリーダーへの追加方法は下記の通りになります。

 

1.J-PlatPatで対象案件を探します。願番等での指定、キーワードサーチ等での絞り込みもOK。

f:id:nannosono:20190613102755j:plain

 

2.つぎに、RSSを取得する出願の固定URLのリンクに飛びます。固定URLは矢印で示す「URL」ボタンをクリックすると表示され、表示されたURLをクリックすると該当するWebページに飛べます。新たにできたタブには、「文献固定アドレス用結果一覧」と表示されるかと思います。

f:id:nannosono:20190613102757j:plain

 

3.固定アドレスに飛ぶと、「特許・実用新案紹介(固定アドレス)」の右側にRSSのアイコンが表示されるので、それをクリックします。

(なお、更新情報があれば、直近の更新情報が書誌情報の下に表示されます。)

f:id:nannosono:20190613102807j:plain

 

4.xmlのWebページに飛びますので、このWebページをRSSリーダに追加すれば、更新情報を随時取得できます。

f:id:nannosono:20190613101456j:plain

 

5.RSSリーダに追加すると下記のように、更新情報が表示されますので、対象案件にどのような動きがあったかを随時確認できます。

f:id:nannosono:20190613103426j:plain

 

ということで、今までは有料のデータベースで経過監視を管理をしていましたが、J-PlatPatでも更新情報が簡単に取得できるようになるため、プログラムを組めば、無料で誰でも大量の案件の経過監視をできるようになりそうです。

みんなが大量の案件の経過監視をJ-PlatPatでやるようになると、J-PlatPatのサーバが落ちそうな気もしますが…。

 

なお、RSS機能は外国語にも対応しているので、外国のクライアントにも教えてあげると喜ばれるかもしれません。

f:id:nannosono:20190613103925j:plain

 

欧州における動植物関連出願の審査・審理停止

2017年に改正されたRule 28(2) EPCについては、以前アップしたように、Article 53(b)の解釈に関するブロッコリ事件・トマト事件における拡大審判部の判断と抵触するとの判断が審判部から示されました。

 

nannosono.hatenablog.com

欧州特許条約上、規則が法令に抵触すると法令が優先されるため(Article 164(2))、規則は実質無効化されます。

また、一般的な育種方法、いわゆる、交雑・選抜を繰り返す方法で生み出される動植物の特許出願の審査及び審理においては、Article 53(b)+Rule28 (2)がかなり大きな問題となっているため、規則が無効化されたことで、審査・審理が止まるであろうと想定されていました。

そして、ついにEPOから正式に審査・審理の停止がアナウンスされました。

 

www.epo.org

審査・審理の停止は、EPOの長官から拡大審判部に対して、Article 164(2)に基づいて、Rule28 (2)がArticle 53(b)と整合性がとれているかとの質問に対して,拡大審判部の回答が得られるまででであるため、おおよそ2-3年は続くことになると想定されます。

EPOの審査は遅いので、今、EPOにpendingしている案件については、下手をすると、審査・審理のけりが付く頃には特許権の存続期間はほとんど残ってないかもしれませんね…笑

 

なお、サーチに関しては引き続き行われますので、拡張SRは通常どおり発行される考えられます。

 また、クレームがGMの動植物に関することが明確である場合、そもそもArticle 53(b)+Rule28 (2)の規定とは関係ないため(審査ガイドライン G-II 5.4 Plant and animal varieties, essentially biological processes for the production of plants or animals、特に、5.4.2.1参照)、審査・審理は停止しないことになります。

JP Patent status and claim 1 of Broad's CRISPR-Cas9 Patents.

Broadの日本特許3件

 

特許第6203879号

【請求項1】
クラスター化等間隔短鎖回分リピート(CRISPR)-CRISPR関連(Cas)(CRISPR-Cas)ベクター系であって、
I. CRISPR-Cas系キメラRNA(chiRNA)ポリヌクレオチド配列をコードするヌクレオチド配列に作動可能に結合している第1の調節エレメントであって、
前記ポリヌクレオチド配列が、
(a)真核細胞中の標的配列にハイブリダイズする、10~30ヌクレオチドの長さを有するガイド配列、
(b)トランス活性化CRISPR RNA(tracr)メイト配列、及び
(c)tracrRNA配列
を含み、
(a)、(b)及び(c)が、5’から3’配向で配置されており、
前記tracrRNA配列が、50以上のヌクレオチドの長さを有する、
第1の調節エレメントと、
II. 真核細胞の核中の検出可能な量のII型Cas9タンパク質の蓄積をドライブするために十分な強度の、1つ以上の核局在化配列を含む前記Cas9タンパク質をコードするヌクレオチド配列に作動可能に結合している第2の調節エレメントと
を含む1つ以上のベクターを含み;
成分I及びIIは、前記系の同じ又は異なるベクター上に位置し;
前記ヌクレオチド配列が転写されると:
前記chiRNAは、前記II型Cas9タンパク質へと集合し、前記II型Cas9タンパク質と複合体を形成し、
前記tracrメイト配列は、前記tracrRNA配列にハイブリダイズし、
前記ガイド配列は、前記真核細胞中の前記標的配列への配列特異的結合を指向し、
それによって、(1)前記真核細胞中の前記標的配列にハイブリダイズされる前記ガイド配列、及び(2)前記tracrRNA配列にハイブリダイズされる前記tracrメイト配列と複合体形成している前記II型Cas9タンパク質を含むCRISPR複合体が形成される、
CRISPR-Casベクター系。

 

・II型CRISPR-Cas9

・ハイブリダイズの長さ限定

・tracrRNAの長さ限定

特許第6420273号
【請求項1】 エンジニアリングされた、天然に存在しないクラスター化等間隔短鎖回分リピート(CRISPR)-CRISPR関連(Cas)(CRISPR-Cas)ベクター系であって、 a)ガイド配列、tracrRNA及びtracrメイト配列を含む1つ以上のCRISPR-Cas系ポリヌクレオチド配列をコードする1つ以上のヌクレオチド配列に作動可能に結合している第1の調節エレメントであって、前記ガイド配列は、真核細胞中のポリヌクレオチド遺伝子座中の1つ以上の標的配列にハイブリダイズする、第1の調節エレメント、 b)II型Cas9タンパク質をコードするヌクレオチド配列に作動可能に結合している第2の調節エレメント を含む1つ以上のベクターを含み、 成分(a)及び(b)は、前記系の同じ又は異なるベクター上に位置し、 前記CRISPR-Cas系は、前記Cas9タンパク質をコードする前記ヌクレオチド配列とともに発現される2つ以上の核局在化シグナル(NLS)を含み、少なくとも1つのNLSが、前記Cas9タンパク質のアミノ末端に若しくはその付近に存在し、及び、少なくとも1つのNLSが、前記Cas9タンパク質のカルボキシ末端に若しくはその付近に存在し、 それによって、前記1つ以上のガイド配列が、真核細胞中の前記1つ以上のポリヌクレオチド遺伝子座を標的とし、前記Cas9タンパク質が、前記1つ以上のポリヌクレオチド遺伝子座を開裂し、それによって、前記1つ以上のポリヌクレオチド遺伝子座の配列が、改変される、 CRISPR-Casベクター系。

・II型CRISPR-Cas9
・NLSが2つ以上

・N末端、C末端にNLS一個ずつ配置

 

特許第6395765号

CRISPR複合体成分を含む組成物であって、
前記CRISPR複合体成分が、
I. CRISPR-Cas系ポリヌクレオチド配列(複数の場合も有り)であって、
(a)RNAを含み、ポリヌクレオチド遺伝子座中の標的配列にハイブリダイズし得る、エンジニアリングされたガイド配列、
(b)RNAを含むtracrメイト配列、及び
(c)RNAを含むtracrRNA配列
を含み、
(a)、(b)及び(c)が、5’~3’配向で配置されている、
CRISPR-Cas系ポリヌクレオチド配列、
II. II型Cas9タンパク質
を含み、
前記tracrメイト配列が、前記tracrRNA配列にハイブリダイズし、前記ガイド配列が、標的配列へのCRISPR複合体の配列特異的結合を指向し、
前記CRISPR複合体が、前記II型Cas9タンパク質であって、(1)前記標的配列にハイブリダイズされる前記ガイド配列及び(2)前記tracrRNA配列にハイブリダイズされる前記tracrメイト配列と複合体形成している、前記II型Cas9タンパク質を含み、
前記II型Cas9タンパク質が、黄色ブドウ球菌(Staphylococcus aureus)Cas9(SaCas9)である又はこれを含む、

 

・小型Cas9(SaCas9)

EP Patent status and claim 1 of UC Berkeley‘s CRISPR-Cas9 Patents.

執筆用メモ

 

UCBの欧州特許

一本鎖型については本命、欧州では二本鎖型を狙った出願を既に権利化済。

 

EP2800811B:口頭審理未定(補正クレーム提出済(2018/10/25))

1.  A method of modifying a target DNA, the method comprising contacting the target DNA with a complex comprising:

  (a) a Cas9 polypeptide and

  (b) a single-molecule DNA-targeting RNA comprising:

    (i) a DNA-targeting segment comprising a nucleotide sequence that is complementary to a sequence in the target DNA, and

    (ii) a protein-binding segment that interacts with said Cas9 polypeptide, wherein the protein-binding segment comprises two complementary stretches of nucleotides that hybridize to form a double stranded RNA (dsRNA) duplex,

   wherein said two complementary stretches of nucleotides are covalently linked by intervening nucleotides,

   wherein said contacting is in vitro or in a cell ex vivo; and

   wherein said modifying is cleavage of the target DNA.

 

・一本鎖型の基本特許

 

EP3241902B:異議申立あり

1.  A composition comprising:

  (a) a chimeric Cas9 protein, or a polynucleotide encoding said chimeric Cas9 protein,

     wherein the chimeric Cas9 protein comprises a modified Cas9 protein having reduced nuclease activity compared to the corresponding wild-type Cas9, and comprises a heterologous polypeptide that:

    (i) has DNA modifying activity, or

    (ii) exhibits the ability to increase or decrease transcription, or

    (iii) has enzymatic activity that modifies a polypeptide associated with DNA; and

  (b) a DNA-targeting RNA, or one or more DNA polynucleotides encoding said DNA-targeting RNA, wherein said DNA-targeting RNA comprises:

    (i) a DNA-targeting segment comprising a nucleotide sequence that is complementary to a sequence in a target DNA, and

    (ii) a protein-binding segment that interacts with said chimeric Cas9 protein,

    wherein the protein-binding segment comprises two complementary stretches of nucleotides that hybridize to form a double stranded RNA (dsRNA) duplex.

 

・ニッカーゼ型Cas9およびdCas9をカバーする形態。

・ガイド鎖は、一本鎖型に限定されず、二本鎖型を含む。

神大 西田先生のバイオパレットは、sgRNA+dCas9-AIDを使用しているはずなので、(a)(i)で引っかかってる可能性。

EP Patent status and claim 1 of VILNIUS‘s CRISPR-Cas9 Patents.

執筆用メモ

 

VILNIUS大学の欧州特許、OA苦戦中であったが、1月23日にGrantがでようで。

5者の中で最先でFileしているので、代理人がもっと優秀であれば、結果は違ったかも知れません。明日は我が身…。

 

EP2828386

1 . A in-vitro method for the site-specific modification of a target DNA molecule, the method comprising

     contacting, under suitable conditions,
         a target DNA molecule; and
         an RNA-guided DNA endonuclease comprising at least one RNA sequence and at least one of an RuvC active site motif and an HNH active site motif;

       wherein

       the RNA-guided DNA endonuclease is a Cas9-crRNA complex

       said Cas9-crRNA complex comprising a Cas9, crRNA and tracrRNA
       to result in the target DNA molecule modified in a region that is determined by the complimentary binding of the crRNA sequence to the target DNA molecule,

      the method further comprising assembling the popeptide-polyribonucleotides complex in-vitro by incubating said components of the complex under conditions suitable for complex assembly,

      wherein the target DNA is double stranded or single stranded and wherein a double stranded target DNA contains a proto-spacer adjacent motif.

 

・日米欧共にin vitro assemblyが必須なので、特許としては…

EP Patent status and claim 1 of Toolgen‘s CRISPR-Cas9 Patents.

執筆用メモ

 

ツールジェンの欧州特許(2019/02/22)

真核生物のデータを含めて初めてFileしたのはToolgen。

ただし、Sienceの論文公開後であり、全般的に進歩性?

ガイド鎖末端のGG付加がポイントか。

 

EP2912175:異議申立中(口頭審理未定)

1.  A Type II Clustered Regularly interspaced Short Palindromic Repeats (CRISPR)/CRISPR-associated protein 9 (Cas9) system for introducing double-stranded breaks into a target DNA sequence in a mammalian cell,

   wherein the Type II CRISPR/Cas9 system comprises:

       a. a Cas9 protein with one nuclear localization signal (NLS),

       wherein the NLS is at the C-terminus, or a nucleic acid encoding the Cas9 protein; and

       b. a single-chain guide RNA comprising a CRISPR RNA (crRNA) portion fused to a trans-activating crRNA (tracrRNA) portion.

 

・Cas9に1個NLSが付加された、sgRNAを利用するCRISPR-Cas9全般をカバー。NLS1個ついただけで進歩性をクリアというのが謎。

・第二医薬用途クレームの形式であるため、通常は解釈されない用途が解釈されている…?